A protestáns felekezetek általában továbbra sem tartanak istentiszteleteket. 

A Magyarországi Református Egyház zsinatának elnöksége közleményében kéri, hogy az egyházközségek „továbbra se menjenek templomba és ne tartsanak istentiszteleteket a gyülekezeti közösség részvételével.” Az úgynevezett „kálvinista Rómában”, Debrecenben lesznek misék olyan módon, hogy egy sorban három ember ül majd, szájmaszkot visel, de nem lesz református istentisztelet.

Ez különösen furcsa intézkedés több okból is: A protestáns egyházakban kevésbé hierarchikus az egyházi struktúra, ezért különös, hogy míg a katolikus egyházmegyék saját belátásuk szerint nyitják ki templomaikat, addig éppen a protestáns felekezetek várják el az egységes intézkedést. Orbán Viktor miniszterelnök vetette fel, hogy lassan ki kellene nyitni a templomajtókat, aki maga is református. Ráadásul a legelső korlátozó rendelkezések sem vonatkoztak a hitéleti tevékenységekre. Bogárdi Szabó István, a Magyarországi Református Egyház zsinatának lelkészi elnöke a járvány első hetében, amikor az evangélikusok már elrendelték, hogy online istentiszteletet tartsanak a lelkészek, ezt hirdette ki: "Vészhelyzetben is tartunk istentiszteletet." Köntös László, a Reposzt.hu blogon legutóbb kifejtette: „a helyzet azért bonyolult, mert a védekezés első szakaszában ... az aktív keresztények/keresztyének túlnyomó többsége által támogatott egyetértés (volt) arra vonatkozóan, hogy a veszélyhelyzetben a templomi alkalmakat szüneteltetni kell.” A valóságban azonban számos református egyházközség vezetése mást gondolt, és sokfelé tartottak istentiszteleteket. Az elvárt védőtávolságot amúgy sem mindig nehéz megtartani egy templomban. Ráadásul a református egyházi törvények szerint nem is lehetséges ezeket a kérdéseket központilag szabályozni.

A Magyarországi Evangélikus Egyház hasonló, szigorú rendelkezést adott ki: „Immár hét hete, hogy arra kellett kérnünk gyülekezeteinket, hogy a Covid-19 koronavírus-járványra tekintettel ne tartsanak nyilvános istentiszteleteket és egyéb alkalmakat…. Ha egyházi gyakorlatunkból sok mindent csak bizonyos önkorlátozással és fájdalmas lemondással tudunk is megélni, ezt mások élete védelmében vállalni kell.”

Tudomásunk szerint a legtöbb protestáns egyház is ezt a gyakorlatot követi. Az összes gyülekezet szabályozását nem tudjuk ismertetni. A pécsi metodista gyülekezet például az elkövetkező vasárnaptól nyilvános istentiszteleteket tart.